医疗废水中富含各种难降解的有机物、无机物和细菌等微生物，这一类废水成分有点复杂，最好是医院本身在外排进入下水道前先进入医院污水处理系统分类进行预处理。
例如：
（1）检验科病源体的培养基、毒种保存液等高危废物，先在科室内进行压力蒸汽灭菌后，按其它感染垃圾处理。
（2）传染病人（如结核病人）的痰液和检验科检查后痰液标本、污染废物，以及各科室病人的引流液、胸、腹水等由产生科室分类收集，用防渗漏的专用桶盛装，送至化痰室，
经高温煮沸30分钟或2000mg/L含氯消毒剂混合作用30分钟后，污水排入医院污水处理系统。
（3）放射性液体废物：产生后由专用管道排入分隔的污水池，经过降解后排入医院污水处理系统。
（4）化学性废物：放射科显影液产生后排入医院污水处理系统。定影液产生后用防渗漏的专用桶装，交回收公司处理。检验科、病理科的化学试剂、液体废物排入医院污水系统处理。
（5) 使用溶剂回收系统过滤处理